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TripleTOF 6600系統(tǒng)做了如下改進：(1)增強的檢測器技術(shù)使得線性動態(tài)范圍達到了5個數(shù)量級，更多低豐度蛋白質(zhì)和肽段可以檢測到;

(2)Q1母離子選擇的質(zhì)荷比從1250提升至2250，可覆蓋更多高質(zhì)荷比的化合物;

(3)圖譜采集速度提高，每個SWATH循環(huán)跨越可變窗口，使得更多肽段和蛋白質(zhì)得以定量;

(4)調(diào)整了TOF設(shè)計，溫度控制，提高了質(zhì)量準確度和穩(wěn)定性;

(5)采用動態(tài)累積時間功能提高二級譜圖的質(zhì)量。 　　

而SWATH 2.0采集技術(shù)是此次推出蛋白質(zhì)組學(xué)平臺中的一大亮點。2012年，AB SCIEX在當(dāng)年的ASMS上推出采用SWATH采集技術(shù)TripleTOF 5600系統(tǒng)。SWATH采集技術(shù)是AB SCIEX與蘇黎世聯(lián)邦理工學(xué)院Ruedi Aebersold教授研究小組共同開發(fā)，并將其產(chǎn)業(yè)化，目前，該項采集技術(shù)只能在AB SCIEX TripleTOF 5600、6600系統(tǒng)上運行。據(jù)介紹，相比于目前流行的質(zhì)譜數(shù)據(jù)依賴采集法(DDA)及靶向蛋白質(zhì)組學(xué)策略(MRM)，SWATH的數(shù)據(jù)非依賴采集法(DIA)可以定量分析數(shù)以千計的蛋白，從而完成對大樣品量的數(shù)據(jù)分析，同時定量的數(shù)據(jù)具有非常高的完整和重現(xiàn)性。這種高質(zhì)量的定量數(shù)據(jù)過去只能利用被視為定量“黃金標準"的MRM方法獲取，但其定量的蛋白數(shù)量非常有限，只能獲得低水平蛋白的分析。 　　

相比與上一代SWATH采集技術(shù)，SWATH 2.0提供了可變窗口，TripleTOF 6600系統(tǒng)每個SWATH采集循環(huán)高可以實現(xiàn)200個采集窗口速度，在前體粒子密集時使用，增強選擇性，低可達2Da的質(zhì)量數(shù)窗口;在前體粒子密度較低時使用，以確保覆蓋前體離子。